O Complexo Hospitalar (CH) da UFRJ conta com 9 unidades:
Hospital Universitário Clementino Fraga Filho (HUCFF)
Maior hospital do estado do Rio de Janeiro em volume de consultas, atende 42 especialidades médicas e 23 programas em alta complexidade. Possui um Programa de Transplante credenciado no Sistema Nacional de Transplante (SNT) do Ministério da Saúde, para transplantar rim, fígado, córnea e medula óssea. Tem capacidade instalada atual de 250 leitos, com potencial para até 450 leitos ativos, na dependência do resgate de áreas não utilizadas e investimento em recursos humanos. Realiza, por mês, cerca de 20 mil consultas ambulatoriais, 450 cirurgias, e 700 internações.
Instituto de Atenção à Saúde São Francisco de Assis (Hesfa)
O instituto tem como missão atender com qualidade as demandas peculiares da Atenção Básica de Saúde (ABS), Atenção Secundária à Saúde (ASS) e dos Programas de Saúde da Família (PSF) em consonância com o SUS, dentro de uma perspectiva acadêmica enquanto hospital universitário.
Instituto do Coração Edson Saad (Ices)
Instituído pelo Conselho Universitário (Consuni) da UFRJ em 27/11/2003, o Ices resulta da reorganização de setores de excelência profissional em cardiologia e cirurgia cardíaca, anteriormente ligados à Faculdade de Medicina da UFRJ. Trata-se da expansão de uma unidade acadêmica de saúde, baseada em um novo modelo gerencial e conceitual, que respeita a sua tradição institucional mantendo a busca de um alto padrão de qualidade. Esse instituto resulta dos sonhos de muitos pesquisadores e, em especial, do professor emérito Edson Saad. A atividades do Ices têm capacidade e vigor para seguir e construir o novo, tendo como suas origens históricas as disciplinas de cardiologia e cirurgias cardíacas dos Departamentos de Clínica Médica e Cirurgia Geral, respectivamente, da Faculdade de Medicina da UFRJ e os serviços de cardiologia e cirurgia cardíaca do HUCFF.
Instituto de Doenças do Tórax (IDT)
O hospital se dedica à promoção da saúde e à assistência integral de doenças respiratórias. Nessa especialidade, o IDT oferece treinamento avançado para todas as profissões de saúde e promove a atualização permanente do staff em intercâmbio com instituições de alto nível no Brasil e no exterior.
No IDT, as pesquisas científicas e tecnológicas contribuem para uma melhor compreensão da saúde, da doença e para a atualização de procedimentos e tecnologias de reabilitação e reintegração ao convívio social e ao trabalho.
Instituto de Ginecologia (IG)
É centro de referência para a região do Grande Rio e de todos os municípios do estado. Em seis décadas anos de funcionamento, já foram atendidas mais de 250 mil pacientes. É a única unidade hospitalar da UFRJ que possui serviço de radioterapia, existente apenas em mais duas instituições públicas no município do Rio de Janeiro: Instituto Nacional do Câncer (Inca) e Hospital de Oncologia. O IG trabalha com reprodução humana e fertilidade e através de uma reestruturação para um melhor atendimento ao público o próximo passo será promover a reprodução in vitro.
Instituto de Neurologia Deolindo Couto (INDC)
É um hospital universitário que desempenha funções de assistência e ensino de Neurologia e Neurocirurgia. Seu Centro de Investigação e Tratamento das Miopatias do INDC existe desde 1978 e atende a pacientes com doenças musculares primárias. Na área de pesquisa, mantêm-se linhas de pesquisas das doenças neuromusculares da Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA), do Parkinsonismo e das manifestações neurológicas da doença de Alzheimer.
Instituto de Psiquiatria (Ipub)
É Centro Colaborador para Ensino, Pesquisa e Treinamento em Serviço, em Saúde Mental, da Organização Mundial da Saúde (OMS) e Centro de Excelência do Sistema Unificado de Saúde (SUS) do Estado do Rio de Janeiro. Seu objetivo é cooperar no ensino, na pesquisa e na divulgação da psiquiatria e das ciências afins, não só no Brasil como no exterior. O Ipub desenvolve função relevante no campo da Saúde Mental no Brasil, sendo hoje uma instituição reconhecida internacionalmente.
Instituto de Puericultura e Pediatria Martagão Gesteira (IPPMG)
O hospital pediátrico universitário desempenha funções de assistência e ensino de Pediatria e desenvolve pesquisa na área materno-infantil. Além disso, oferece o Programa de Educação Continuada (PEC) para graduados, graduandos e alunos do Ensino Médio, que tem como objetivo principal o aprimoramento dos conhecimentos teóricos e práticos dos profissionais da área de saúde ligados à pediatria, através do treinamento em serviço.
Maternidade Escola (ME)
Fundada em 1904 com o nome de Maternidade do Rio de Janeiro, sua finalidade principal era a de assistir às gestantes e às crianças recém-nascidas das classes menos favorecidas do estado do Rio de Janeiro. Sua importância no ensino da Obstetrícia foi base para a formação dos cursos de pós-graduação em níveis de mestrado e de doutorado no Brasil. Atualmente, a Maternidade Escola oferece assistência a gestantes e a recém-nascidos de alto risco. Dispõe de ambulatórios/pré-natal de baixo e alto risco, planejamento familiar, genética pré-natal, medicina fetal (com os mais modernos procedimentos propedêuticos e terapêuticos nesta área) e de follow-up para recém-nascidos prematuros, como, também, presta assistência e incentivo ao aleitamento materno, funcionando em regime interdisciplinar. Com funcionamento 24 horas por dia, a ME conta com um moderno centro obstétrico, UTI Neonatal, banco de leito humano, alojamento conjunto e enfermarias mãe-canguru, assim como serviços de apoio (laboratório de análises clínicas e de patologia). Vale salientar o seu pioneirismo na introdução dos métodos biofísicos na Obstetrícia do Brasil, como a ultrassonografia e a doplerfluxometria.